revize edilen 300 yıllık sistem
Yaklaşık 300 yıl önce İsveçli botanikçi Carl Linnaeus , iki terimli sistem olarak bilinen şeyi yarattığında bilim tarihindeki yerini sağlamlaştırdı . Yıl 1737’ydi ve dünyanın farklı yerlerinde natüralist kaşifler tarafından toplanan bitki ve hayvanların büyük çeşitliliği nedeniyle, Linnaeus bu materyali sistematik bir şekilde sınıflandırmak ve gruplandırmak için mantıksal bir sistem geliştirme ihtiyacını gördü.
Bu, zamanın testinden geçen bir sistemdir – temel formülü hala kullanımdadır.
Adlandırma kuralı tüm biyolojik organizmalar için geçerlidir: bitkiler, hayvanlar ve bakteriler. Her tür, iki bölümden oluşan bir isim alır. Cins adı bir soyadına benzer; Bu adı paylaşan tüm türler yakından ilişkilidir. İkinci isim, cins içindeki her tür için benzersizdir. Bu kombinasyon, tanımlanan herhangi bir organizma için benzersiz bir isim oluşturur. İyi bilinen örnekler arasında Homo sapiens (modern insanlar) ve Escherichia coli (bakteriler) yer alır.
Evrensel olarak kabul edilen farklı isimler atamanın ana faydalarından biri, insanların ve özellikle bilim adamlarının, dil veya coğrafi engellerden bağımsız olarak belirli bir organizma hakkında net bir şekilde iletişim kurmasına yardımcı olmasıdır. Başka bir nimet de, benzersiz isimlerin bir tür hakkındaki mevcut tüm bilgileri birbirine bağlamasıdır. Ayrıca bilim adamlarının organizmalar arasındaki ortak özellikleri ve ilişkileri anlamalarına yardımcı olur.
Adlandırma kararları bir boşlukta alınmaz. Türlerin ne olduğu ve nasıl tanınacağı konusundaki fikirler son 300 yılda gelişmiş olsa da, Linnaeus’un önerdiği adlandırma sistemi değişmeden kaldı.
Organizmaların isimlendirilmesi için genellikle “kodlar” olarak adlandırılan “kural kitapları” vardır. Hayvanları, bitkileri, algleri ve mantarları, virüsleri ve bakterileri adlandırmak için farklı kodlar vardır. Başlangıçta bakterileri de ele alan Botanik Yasası ilk olarak 1867’de geliştirildi ve her altı yılda bir Uluslararası Botanik Kongresi sırasında revize edildi. Bakteriyel Kod ilk olarak 1947’de ayrı bir belge olarak yayınlandı ve bu yıl Uluslararası Prokaryot Sistematiği Komitesi tarafından güncellendi .
Ancak mevcut kod, prokaryotların çalışılma şeklini değiştiren teknolojideki ilerlemelerle başa çıkmak için yeterli değildi. Böylece, yeni, tamamlayıcı bir kod tanıtıldı.
kararlı bir sistem
Yeni bir türün tanımı, ilgili yasadaki kurallarda belirtilen tüm gereklilikleri karşılıyorsa, ad geçerli kılınacak ve kalıcı hale getirilecektir.
Her yeni tür aynı zamanda tip malzemesiyle de bağlantılıdır: diğer bireyleri karşılaştırmak için somut bir şey. Tip , müze veya herbaryum örnekleri, yaşayan kültürler ve hatta çizimlerle temsil edilebilir .
Ancak bu sistem prokaryotlar için pek iyi çalışmıyor. Çekirdeği olmayan bu tek hücreli organizmalara genellikle bakteri denir (bakterilere benzer ancak bakterilerden farklı bir mikroorganizma grubu olan Archaea’yı da içerirler). Prokaryotlar, Uluslararası Prokaryot İsimlendirme Kodu altında adlandırılır .
Diğer disiplinlerin adlandırma kural kitaplarından farklı olarak, bu kural yazı malzemesi konusunda katıdır: Yalnızca iki farklı ülkedeki koleksiyonlardan elde edilebilen saf bir bakteri kültürü yazı malzemesi olarak sayılır. Ancak bir sorun var: Çoğu bakteri, laboratuvardaki bir Petri kabında kendi başına saf kültürde yetiştirilemez.
Bu, kod altında isimlendirilemeyecekleri anlamına gelir.
Yeni bir girişim olan SeqCode , DNA dizileme verilerinin tür olarak hizmet etmesine izin vererek oyunu değiştirecek. Dünya çapında SeqCode’u oluşturmaya dahil olan birkaç biyologdan biriydim ve bunun büyük bir başarı olduğuna inanıyorum.
Tüm bakteriler için resmi ve istikrarlı bir adlandırma sistemi, bilimin gezegenin biyolojik çeşitliliğinin gizli potansiyelini ortaya çıkarmasına ve ekosistemlerin işleyişindeki rollerini anlamasına yardımcı olacaktır. Aynı zamanda bilim adamlarının bulgularını birbirlerine iletmelerine yardımcı olacak – belki de yeni nesil antibiyotikleri veya kanser tedavisini belirlemeye yönelik büyük bir adım.
genom dizilimi
Kaç tane prokaryotik tür olduğu bilinmiyor – milyonlarca veya trilyonlarca olabilir. Ancak şimdiye kadar sadece yaklaşık 18.000 kişiye kalıcı (geçerli) isimler verildi . Genom dizilemenin artan yaygınlığı, bunu değiştirmek için bir fırsattır. Biyologlar, bir prokaryotik türü daha sonra incelemek ve özelliklerini açıklamak için bir laboratuvarda yetiştirmek zorunda kalmak yerine, artık tam veya tama yakın bir genom elde etmek için organizmaların DNA’sını doğrudan çevresel bir örnekten sıralayabilirler. Genom, organizmanın gerçekleştirebileceği tüm işlevleri kodlayan bakterinin DNA planıdır.
Sekans verileri, aynı türe ait diğer üyeleri tanımak için kullanılabilecek kadar kararlı ve yeterlidir.
2018’de uluslararası bir bakteri taksonomisti ve ekolojist grubu, bakteri taksonomisinin geleceğini tartışmak için ABD’de ABD Ulusal Bilim Vakfı tarafından finanse edilen bir çalıştaya katıldı. Katılımcılar, genom dizilemenin birçok prokaryota kalıcı isimler vermenin iyi ve bilimsel olarak sağlam bir yolu olduğunu kabul ettiler. Bu fikir, dünyadaki diğer birçok mikrobiyolog tarafından desteklendi .
Bununla birlikte, genom dizilerinin tipler olarak izin vermesi için mevcut kodu değiştirme önerisi , Uluslararası Prokaryot Sistematiği Komitesi tarafından kabul edilmedi . Uluslararası Mikrobiyal Ekoloji Derneği’nin desteğiyle, toplantıya katılanlardan bazıları diğer olasılıkları tartışmaya başladı .
Genomik olarak tanımlanmış prokaryotları adlandırmak için tamamen ayrı bir kod fikri ortaya çıktı. Bunu geniş bir istişare izledi ve Eylül 2022’de SeqCode – veya tam adını verecek olursak, Sekans Verilerinden Tanımlanan Prokaryotların Adlandırılması Kodu piyasaya sürüldü .
Bu, mevcut kodun yerini almaz. Saf bir kültür mevcut olduğunda, bakteriler yine de Bakteri Kodu altında adlandırılabilir.
Önümüzdeki yıllarda, mayalar ve diğer mantarlar gibi diğer genomik olarak tanımlanan mikroorganizmaların adlandırılmasında benzer ayarlamalar yapılması veya yeni kodlar oluşturulması mümkündür.